La Asociación Salesiana de Don Bosco firmó un Convenio de cooperación académica con la Universidad Francisco Marroquín en 1971. A partir de 1972 los Salesianos de Don Bosco desarrollaron programas humanísticos amparados por la Universidad Francisco Marroquín. Se crearon carreras, departamentos y facultades. Cabe destacar entre esos programas los Profesorados en Pedagogía y Ciencias de la Educación, Teología, Profesorado de Enseñanza Media en Inglés y Profesorado en Historia. La Facultad de Ciencias de la Comunicación tuvo gran desarrollo y se establecieron las especialidades de Técnico y Licenciatura en Ciencias de la Comunicación Social, Licenciatura en Publicidad y Licenciatura en Producción Radial y Televisiva. Ahí tuvo sus inicios la Universidad Mesoamericana.
Aprovechando la experiencia y desarrollo universitarios que se habían logrado, se iniciaron los trámites de fundación de una nueva universidad en 1996. El 1ro. de octubre de 1999 fue aprobada la Universidad Mesoamericana por el Consejo de la Enseñanza Privada Superior de Guatemala. El año 2000 comenzaba a funcionar la nueva universidad con las Facultades de Ciencias Humanas y Sociales y Ciencias de la Comunicación Social. Un año más tarde, en alianza estratégica con la Asociación de Gerentes de Guatemala, se crea la ESAG, Escuela Superior de Alta Gerencia, para impartir Maestrías. El año 2002 se fusionaron 15 carreras de la ciudad de Quetzaltenango como parte de la Universidad Mesoamericana. El año 2003 se autoriza la Facultad de Medicina en dicha sede.
El año 2004 lo consideramos como un período de consolidación del proceso llevado a cabo a nivel estructural, de personal y de mejora de la calidad académica.
En el año 2006 se hizo una reestructuración general de las facultades y carreras de la Universidad Mesoamericana, quedando de la siguiente manera:
Sede Guatemala
- Facultad de Ciencias de la Comunicación Social
- Facultad de Ciencias Humanas y Sociales
- Escuela Superior de Alta Gerencia
Sede Quetzaltenango
- Facultad de Medicina
- Facultad de Ciencias Económicas
- Facultad de Derecho
- Facultad de Arquitectura
- Facultad de Ingeniería
En el 2007 se abrió la carrera de Odontología en Quetzaltenango y en 2008, en la sede de Guatemala, empiezan la Ingeniería en Informática y la Maestría en Finanzas Empresariales.
En el año 2009 se elabora la Carta de Navegación de la Universidad, de conformidad con las orientaciones de las IUS (Instituciones Universitarias de Educación Superior). Este proyecto guiará el camino de la Universidad durante los próximos 5 años. Durante ese mismo año se cumple el décimo aniversario de la fundación de la Universidad Mesoamericana.
En el año 2010 se realiza un convenio de entendimiento y cooperación con la Cooperativa Unión Progresista Amatitlaneca (UPA) para desarrollar algunas carreras universitarias en Amatitlán.